分署沿革
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台灣省政府為了發展山坡地農牧資源之利用與保育，加強推行山坡地水土保持工作，於民國53年3月公佈「台灣省政府農林廳山地農牧局組織規程」設立山地農牧局為省府三級機構。其後，鑒於東部地區山坡地幅員廣闊、農業資源豐富，成立東台水土保持推行小組，積極展開東部地區山坡地開發保育利用工作。
花東地區屬山地農牧局第七工作處轄區，處址設在花蓮縣瑞穗鄉。由於花東縣地形狹長，山地區域遼闊水土保持工作量龐大，鑒於實際需要於民國54年12月，成立山地農牧局第八工作處﹝本分局前身﹞，專責辦理台東縣水土保持業務。
成立初期，限於經費短絀乃租賃台東市福建路21號之1房舍辦公，民國56年承農復會﹝農委會前身﹞撥款補助以及台東縣政府、台東農業改良場之協助，興建辦公廳於台東市中華路一段665現址。
民國62年12月5日組織編列修擴大員額編制，並於民國63年4月改制為山地農牧局第五工作處。
此後業務逐漸擴充，人員增加，原辦公廳舍已不敷使用，承台東縣政府、台東農業改良場支援配合，陸續於民國69年及民國82年擴建辦公廳。
民國78年台灣省政府為加強維護山坡地水土保持資源、生態環境自然景觀，落實水土保持工作 ，改制山地農牧局為水土保持局。本分局同時於12月5日更名為水土保持局第五工程所。民國 88年7月1日因精省之故，本分局改隸為行政院農業委員會水土保持局第五工程所。 民國95年起新增易淹水地區水患治理計畫業務 。民國97年5月29日改制為行政院農業委員會水土保持局臺東分局，並新增農村建設計畫業務。
為因應土石流防災應變等業務之需要，民國98年2月動工改建辦公廳舍，歷時2年於民國100年3月完成，並於當年5月辦理落成典禮，該建築整體空間規劃設計，強調與環境相生共榮，秉持綠建築設計理念，並兼具教育性及安全性之原則，經行政院農業委員會評鑑為98年度優良農建建築類工程，亦成為臺東市之新地標。
民國112年8月1日行政院農業委員會升格農業部，水土保持局臺東分局更名為農業部農村發展及水土保持署臺東分署